玄野計は地下鉄のホームで小学生時代の親友加藤勝を見かける。正義感の強い加藤は線路上に落ちたホームレスを助けようとするが、助けに入った玄野と共に、進入してきた電車に轢かれ死んでしまう。
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次の瞬間、彼らはマンションの一室にいた。そこには、同じ様に死んだはずの人々が集められていた。部屋の中央にある謎の大きな黒い球。彼らは、その「ガンツ」と呼ばれる球に、星人を「やっつける」ように指示され、別の場所へと転送されていく。
謎の物体「ガンツ」に集められた死んだはずの人々は理由もわからないまま、謎の星人と戦わなくてはいけない。
GANTZ
世界各地に存在し、その正体、目的が一切不明の直径約1mの謎の黒い球体。正式名称も不明で、東京では「ガンツ」、大阪では「黒アメちゃん」などと呼ばれている。
球体内には人工呼吸器に似た器具を取り付けられた全裸の男性が座っており、この人物をガンツと呼称する場合もある。通常の音声会話などのコミュニケーションを取ることは不可能だが、一定の要望に対しては応答が得られることがあり、男に音声で要請し耳孔に指で刺激を加えると今までの戦死者のリストや100点獲得時の特典を見ることができる。なお、この男に対するXガンによる射撃その他の物理的な攻撃は一切の効果を持たない。
死んだ動物（主に人間）を蘇らせ、「星人」と呼ばれる正体不明の怪物と戦う任務（ミッション）に強制的に参加させる。また、劇中の表現によればガンツに招集された人間は、言わばファックスから出てきたコピーであり、オリジナルは死んでいるとされる。ただし、ごく稀にオリジナルが生きていて、同一人物が2人存在するという現象が起こる場合もある。
ミッション参加者は「あだ名」で表記される。あだ名は主に身体的特徴や行動、職業、名前や雰囲気で付けられる。
ミッション中、一般人がガンツミッションの存在を感知した場合、その人間を標的とするミッションが新たに追加されることがある。そのミッションで抹殺された人間はメモリーに加えられ、後に再生することもできる。再生した場合、ガンツに関する記憶は消去される。
ルール
ミッション開始直前に死んだ人間（稀に動物も含まれる）が複数人選ばれ（既存メンバーがいる場合、0人の時もある）、マンションの一室に転送される。この時点でミッション参加者の頭蓋内には小型爆弾が埋設され、今までに負っていた怪我や傷、病巣などは全て消失する。前ミッションの残存メンバー達もまた、同様に転送されてくる。壁やドアに接触することはできず部屋の外へは出られない状況に置かれる。尚、ミッション参加者の身体に接触して一緒にガンツの部屋に転送されることにより、非死亡者でもガンツメンバーとして認識されミッションに参加することが可能である。
全員の転送が済むと、数分後に球体から各都市の特徴に応じた音楽が流れる（東京ではラジオ体操の歌、大阪では吉本新喜劇のオープニング曲が流れる）。
ガンツの表面に、いい加減な日本語のメッセージが浮かび上がった後、標的である星人の容貌と特徴、好きなもの、口癖などが表示される。ただしどの情報も当てにならず、表示された標的以外の個体が多数出現することが多い。
ガンツの両サイド・裏側が引き出しの様に開き、メンバー全員分のスーツの入ったアタッシェケースと銃器類が出てくる。この時点で銃器以外の武器やガンツバイクが格納されている奥の部屋の扉が開閉可能になる。
全員が星人の生息するフィールドに順次転送される。その際ガンツに口頭で要請すれば転送の順序を指定することができる。
出現する星人を制限時間内に全て倒す。ミッション中、一般人と遭遇する事があるが、一般人はミッション参加者と星人の姿を光学的に認識できず、音声も聞こえない。ミッション参加者がおよそ1km四方とされるミッションフィールドの境界線に接近すると頭蓋内爆弾が起動。警告音が発報し、外側に出るとミッション放棄とみなされ爆発する。また、何らかの要因でガンツウェポンやミッションの存在をミッション中に一般人に知られてしまった場合も、起因する人物が死亡する。
星人を殲滅、もしくは制限時間が経過すると、ガンツの部屋に再転送される。フィールドでの負傷者は負傷する直前の状態で転送されるが、死者は転送されず、頭蓋内爆弾が爆発する。負傷者は怪我の度合いによって傷だけ修復される場合と、負傷直前の状態まで遡って転送される場合がある（主に致命傷を負った者が後者）。そのため、後者の場合は負傷後の記憶が無い状態で転送されることになる。
生存者が全員転送されると“採点”が始まり、倒した星人の強さに応じた点数が各メンバー毎にガンツの表面に順次表示される。ただし、星人を全滅させずにミッションを終えた場合は倒した数に関わらず得点は0であり、以前のミッションでの得点も抹消される。さらに次回のミッションにおいて獲得点数に下限が設定され、達成できなければ死ぬとされる。
採点が終わると、ドアに触れられるようになりガンツの部屋から出て日常生活に戻ることができる。その際、銃やスーツを持ち帰ることも可能だが、これらの武器を衆人環視下で露骨に使用すると、頭蓋内爆弾が起動し抹殺される。なお、ミッション外においても星人と遭遇する事があるが、この場合は何体倒しても得点にはならない。
一定期間が経過すると、ガンツの部屋に呼び戻されミッションが始まる。ミッションは不定期に行われるが、招集されるのは概ね夜間である。転送される直前には寒気がして身体が硬直する。前回のミッションで持ち帰った装備を転送時に所持していない場合は補充されない。
なお、オニ星人のミッションの途中から、時間制限と対一般人不可視効果が解除され、ミッションをクリアするには星人を全滅させることが絶対条件となっている。ぬらりひょんのミッション後半では、ミッションフィールドが縮小された。それにより、星人との戦闘が不可避となった。
点数
星人を一体倒す、もしくは転送させるごとに点数が加算される。一体あたりの点数は一定ではなく、種族や個体によって広範な格差がある。累積点が100点に到達すると以下の3つの特典が提示され、100点分の得点と引き換えにいずれかを選ぶことができる。なお、一度のミッションで獲得できる最大点数は100点で、100点以上の点数を獲得しても100点としか表示されない。
1. 記憶を消されて解放される
その場で自宅などに死亡直前の姿で転送され、それまでのミッションに関わる記憶は消去された状態になるが、それ以外の無関係な情報は残っており、記憶が曖昧になる。
2. より強力な武器を与えられる
より強力な武器が用意され、以降のミッションで使用可能となる。残余得点は繰り越しとなる。
3. MEMORYの中から人間を再生する
メモリー内のメンバーから1人を再生する。ミッションメンバーだった場合は以降のミッションにメンバーとして加えることができ、ガンツにターゲットとして指定された一般人の場合は記憶を消された上で再生させられる。残余得点は繰り越しとなる。
星人
ミッションの標的となる、人間以上の身体能力を持つ正体不明の生物。どこから来たのかも不明だが、ガンツのミッションでは「〜星人」というように、まるで宇宙人かのような名称が付けられている。言語を解する星人は、人間を指して「現地の生物」と呼ぶなど、実際に宇宙人であるかのようなことを仄めかしている。中には吸血鬼達のように元は人間だったものも含まれている。異種星人同士が互いの存在を感知している場合があり、種に関係なく星人間でのコミュニケーションが可能な、「共通言語」と呼ばれる音声に依らない特殊な意思疎通法が存在する。
ミッション
ねぎ星人編
場所は多摩市一ノ宮。メンバーは10人、内、新メンバーは8人。
ねぎ星人（2体）
特徴：つよい くさい
好きなもの：ねぎ、友情
口癖：ねぎだけでじゅうぶんですよ!!
ジュニアねぎ星人
声 - 藤田圭宣
最初に出会う事になる子供のねぎ星人で、いつもネギだけを食べているせいか、かなり臭い。追い詰められると臭い液体を口から撒き散らす。体は脆いが人間の大人と同じくらい足が速い。指先に刃物のような鋭い爪を隠している。口癖は映画『ブレードランナー』に登場する日本人のそば屋の有名な台詞「2つで充分ですよ」から。
1点
大きなねぎ星人
声 - 斉藤次郎
ねぎ星人が大人になった姿。手の爪が伸長し、体もコンクリート並に硬くなっている。人間よりも数倍強いパワーを持つ。大人になってもネギを食べている。
3点
田中星人編
場所は板橋区住宅街。メンバーは14人、内、新メンバーは8人。
田中星人（13体）
声 - 井手らっきょ
特徴：つよい ちわやか とり
好きなもの：とり ちよこぼうル からス
口癖：ハァー ハァー ハァー
田中星児に似た人型の外装を着ている鳥型の星人。板橋区のボロアパートを借り切って生活していた。主食はチョコレート。外装は生命維持のためのものであり、これがないと呼吸ができない。口から強力な超音波を発声し攻撃する。「裕三くん？」「スイカの名産地？」などと意味不明な言葉を話すが、これは田中星人のモデルである田中星児のいとこが、グッチ裕三であることに因んだネタである。また、キョロちゃんに似た自身の幼鳥を連れている。
5点
ボス田中星人
ボスは、田中星人の外装の中身の鳥が成長し、更に大きくなった姿。翼が生え飛行が可能となっている。外装は着ていないが、代わりに外付けの呼吸器を付けている。人体を簡単に引き千切ってしまえる程の鋭利な爪や嘴を持つ。ちなみに、田中星人はアニメ版では「鈴木星人」とされており、これは田中星児への配慮であると思われる。
8点
あばれんぼう星人・おこりんぼう星人編
場所は文京区羅鼎院。メンバーは15人、内、新メンバーは9人。
あばれんぼう星人（1体）
特徴：つよい おおきい
好きなもの：せまいとこ おこりんぼう
口癖：ぬん
3点
おこりんぼう星人（1体）
特徴：つよい おおきい
好きなもの：せまいとこ あばれんぼう
口癖：はっ
3点
金剛力士の姿をしており、羅鼎院の入り口の両脇に立っている。身長約5mの巨体。建物や石畳を軽く破壊する怪力を持ち、拳の風圧は人間を吹き飛ばしてしまう程。アニメ版では赤色と緑色だが、ゲーム版では茶色に統一されている。
仏像星人（9体）
大きさは普通の人間とほぼ同じで2m程度。各個体はそれぞれ異なった姿をしており、動作の俊敏な者や、肉弾戦で戦う者など、特徴も様々である。古代の日本語の様な話し方をする。毘沙門天や韋駄天、風神や天燈鬼、龍燈鬼などをモデルにしたものが数体登場。
大仏星人（1体）
羅鼎院の蔵の中から出てきた、大仏の姿をした星人。身長が約15mもある巨体で、Xガンの火力ではあまりダメージが与えられない。その巨体で踏まれるだけでも脅威となる。通常は温和な顔つきだが、額にある白亳を攻撃されると凶暴化する。
千手観音を守る仏像星人（4体）
他の仏像星人よりも強く、知能も高い（持国天・多聞天・増長天・広目天など所謂「四天王」がモデルか）。
千手観音
声 - 伊藤健太郎
本ミッションのボス。生体反応を逆行させる特殊装置を保有し、身体を粉砕されても瞬時に再生、復活する。灯篭型の長距離レーザー、水瓶に入った強力な酸、鋭利な剣など様々な武器を駆使し、これらの武器はスーツの耐久力を無視して効果を発揮する。さらに人間の脳髄を摂食することで、対象者の知識や経験を取り込む能力を持つ。モデルは滋賀県高月町渡岸寺にある国宝の十一面観音と思われる。