特に物語前半、アトランティスが失われたオリハルコンを探索する際に『オリハルコンがあるところ必ずその力をもって文明が生まれる』との論法から、古代遺跡が舞台になることが多かった。なお、物語の舞台にはならなかったが、8話では探索目標の例としてマヤ文明の遺跡が登場している。
イースター島
謎の巨石像・モアイで有名な南太平洋の孤島。その海底にムーの神殿跡が残り、主人公たちの生活の場となっている。なお、実際のイースター島は周囲約60km、最高峰500mほどの比較的平坦な島だが、一般のイメージとして「小さい島」と思われているからか、山の大きさの割に狭いように描かれていた。
富士山
霊峰と呼ばれることから、オリハルコンが眠っているのでは、とアトランティスに誤解されて最初の探査目標となった。探索機の影響で噴火し、剣の故郷を埋め尽くした。なお、小説版では富士の噴火によるアトランティス部隊の被害はなかったが、テレビ版では探索母船と戦闘機数機が失われた。
ヒラニプラ
ムーの首都。4話の舞台となった。主人公たちがラ・ムーの導きにより三万年前の世界を見せられた際、ムーに唯一残された都市として登場。
ピラミッド（エジプト）
有名なギザの三大ピラミッド。7話の舞台となった。実はアトランティスの基地跡であり、ピラミッドはスフィンクス要塞の起動装置の役割を持っていた。
マチュピチュ
インカ帝国が残したとされるペルーの空中都市。オリハルコン探索の目標として、8話の舞台となった。作中では麓から山頂へ抜ける謎の抜け穴が登場した。なお、作中では標高4,000mと説明されていたが、実際は2,000m余りしかない。
アララト山
トルコに位置するノアの洪水伝説の地。9話の舞台となった。作中では山頂近くにノアの箱舟の跡なる窪みが登場した。麓の村には3万年前の世界で消息を絶ったケインの遺品が残されていた。
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チョコレート戦争
ナスカの地上絵
ペルーに残る謎の地上絵。10話の舞台となった。実はアトランティスが宇宙進出のために築いた基地の跡であった。ただし、数ある地上絵の中で基地とされたのはハチドリの部分のみ。また、大きさも実物は全長100mほどしかないが、作中では白鯨との比較からすると1kmくらいに描かれていた。
バミューダ・トライアングル
原因不明の消失事件が起こる三角形の海域。別名、魔の三角海域。11話の舞台となった。3万年前、アトランティスの兵器実験場跡地で、時空に残った歪が事件の原因であった。その異空間には白鯨に匹敵する巨体を持つエイ（形態はオニイトマキエイだが、性質は獰猛）の怪物が潜んでいた。
ヒマラヤ
世界最大の山岳地域。12話の舞台となった。オリハルコンの手がかりを秘めた古代図書館が残されていた。古代竜（形態からすると翼竜の一種）が住んでいて、主人公たちを襲った。
南極
オリハルコンの眠っていた場所。13～14話の舞台となった。厚い氷の下から、オリハルコンを安置した謎の古代都市が発見された。余談だが、南極古代文明説の取り上げにおいてはあの『神々の指紋』より本作の方がはるかに早い。
鯨の墓場
年老いた鯨が人知れず死んでゆく海の墓場。白鯨が最終形態に変身した。なお、海の底にあるはずだが異次元空間なのか、主人公たちはムーバルから出ても普通に呼吸していた。
アトランティス
3万年前、ラ・ムーの超能力で異次元へ飛ばされ、惑星直列の影響で現代に蘇る。物語冒頭を観る限り、出現地点は土星近くの宇宙空間で、大陸がそのまま小惑星になっている形。12話で木星との激突の危機に見舞われるが、オリハルコンを取り戻して以降は、反重力エンジンを作動させて大陸ごと地球に向かう。